Nadace Jedličkova ústavu je řízena 9člennou správní radou. Tvoří ji rodiče žáků Jedličkova ústavu a škol, jeho zaměstnanci nebo lidé z řad veřejnosti.
Práva a povinnosti správní rady vyplývají z působnosti správní rady nadace stanovené zákonem o nadacích a nadačních fondech a Statutu Nadace Jedličkova ústavu. K základním povinnostem správní rady patří:
Činnost nadace průběžně kontroluje 3členná dozorčí rada složená z externích spolupracovníků nadace.
Hlavní otázky činnosti nadace projednávají a detailně sledují členové správní (dozorčí) rady v komisích:
a) Příspěvková a grantová komise,
b) Finanční komise,
c) Komise pro nemovitosti.
Zasedání správní a dozorčí rady se konají společně, 1x za měsíc.